Con el fin de proteger el medio ambiente natural (ríos, lagos, playas y áreas costeras), se han ido implementando normativas cada vez más estrictas para limitar los microorganismos patógenos originados por las aguas residuales domésticas. Muchos servicios de aguas residuales han adoptado el UV como la opción de tratamiento más apropiada, en oposición a la desinfección química.

La desinfección UV de aguas residuales municipales es la única desinfección coste-efectiva que no tiene el potencial de crear o emitir subproductos cancerígenos al medioambiente. Además, UV es un desinfectante efectivo para protozoos resistentes al cloro como Cryptosporidium y Giardia. Aunque su presencia no esté regulada por normativa, estos dañinos protozoos, si se dejan sin tratar, pueden llegar a las captaciones de agua potable o a aguas recreativas.